在明确了人力资源归谁所有和为谁所用后，要进一步解决人力资源由谁支配的问题。从而建立科学合理的企业人力资源管理体系。
正如前面指出的，企业中的员工能力受到两重制约，一是员工的意志，二是企业的要求。这是两种不同的支配权，二者之间可能发生矛盾和冲突。只有理顺两重支配权的关系，建立良性的互动方式，才能有效地利用和开发人力资源。
两重支配权的关系，来自人力资源权益的双重归属，通过企业管理制度来统一。企业人力资源管理的基本思路，在于根据生产经营活动的客观规律，建立合理的分工协作秩序，通过企业成员之间责权利关系的处理，调动员工的工作积极性与主动性，使两重支配权的运作目标一致。
在此过程中，责权利关系的处理是关键环节，其中责任问题是首要问题。进行人力资源管理，首先要明确员工对谁承担责任，承担什么责任。这是因为，企业作为有计划的生产经营体系，依靠命令服从关系协调分工协作秩序，以下级服从上级的原则实现企业成员的统一行动。因此人力资源由谁支配的问题，也就是命令服从关系如何落实到每个员工的问题，以及员工如何在命令服从关系中发挥主观能动性做好工作的。
对此可以这样理解:在企业组织中，每个员工都具有一定的职位，一方面必须执行或向下落实上级的工作指令，另一方面必须结合具体情况选择合适的工作办法。因此人力资源的支配权，体现为企业成员的责权隶属关系和行为自主权的互动关系。其中在组织层级中地位越高的企业成员，管理的下属员工越多，对于人力资源的组织支配权也就越大。但这种组织支配权必须得到下级认同才有实际效率。企业组织的科层结构和企业成员的行为选择相结合，形成企业的人力资源管理体系。
关于企业人力资源的支配权问题，要特别注意经营管理者的特殊地位。一方面，经营管理者是企业组织的代表，管理和支配着下属员工;另一方面，经营管理者本身也是员工，而且是企业的核心员工。因此，在经营管理者身上，体现着企业人力资源支配权的多重内容。他既要从企业整体利益出发，进行人力资源管理;又会从自身利益出发，进行人力资源利用。因此企业人力资源管理的改进，关键在于处理好经营管理者的人力资源支配权问题。